Facturation électronique 2026 : le guide pour les pharmacies d'officine

Temps de lecture : 4 min

À retenir : la facture électronique pour les pharmacies

Double obligation : Votre activité se divise en deux flux majeurs : les ventes aux patients (B2C) et la facturation aux tiers payeurs (B2B). Vous serez soumis aux deux volets de la réforme.
Ventes B2C (part patient) : Toutes les ventes au comptoir (part patient, parapharmacie...) sont soumises à l'e-reporting.
Tiers payeurs (CPAM/Mutuelles) : Ces flux sont considérés comme du B2B et seront soumis à l'e-invoicing (facture électronique obligatoire).
Le LGO est la clé : Votre Logiciel de Gestion d'Officine (LGO) est au centre de la réforme. Il doit être impérativement mis à jour par votre éditeur.
Réception 2026 : Vous devrez recevoir les factures de vos fournisseurs (répartiteurs, laboratoires...) au format électronique dès le 1er septembre 2026.
Émission 2027 : Vous devrez émettre vos flux (e-invoicing B2B et e-reporting B2C) dès le 1er septembre 2027.

Réforme 2026 : pourquoi les pharmacies sont en première ligne

Les pharmacies d'officine sont l'un des secteurs les plus impactés par la réforme 2026. La raison est simple : vous gérez à la fois un volume très élevé de transactions B2C (ventes au comptoir) et un volume très élevé de transactions B2B (le tiers payant).

Votre conformité ne sera pas optionnelle et reposera entièrement sur la capacité de votre Logiciel de Gestion d'Officine (LGO) à gérer ces deux nouveaux flux de données obligatoires.

Ventes B2C : l'obligation de e-reporting pour les pharmacies

Le e-reporting pour la part patient et la parapharmacie

Toutes vos ventes directes aux particuliers (B2C) sont soumises à l'e-reporting.

Cela inclut :

La part "patient" des médicaments (non remboursée).
L'intégralité des ventes de produits de parapharmacie.

Vous devrez transmettre un récapitulatif de ces ventes (Ticket Z) à l'administration via une plateforme (PPF ou PDP).

La gestion des différents taux de TVA

Votre LGO gère déjà la ventilation complexe des taux de TVA (2.1%, 5.5%, 10%, 20%).

La réforme impose que ce détail par taux de TVA soit obligatoirement présent dans le e-reporting (le Ticket Z) transmis à l'administration.

Tiers payeurs (CPAM/Mutuelles) : l'obligation d'e-invoicing

Le tiers payant devient un flux B2B

C'est le point le plus structurant pour votre officine. Les flux de facturation vers l'Assurance Maladie (CPAM) et les mutuelles (organismes complémentaires) sont considérés comme des transactions B2B.

Ces flux seront donc soumis à l'e-invoicing (facture électronique obligatoire).

La FSE (Feuille de Soins Électronique) ne suffit pas

Attention : la FSE gère le flux "soin" et la demande de remboursement. L'e-invoice est le document financier et fiscal qui justifie le paiement.

Votre LGO devra être mis à jour pour que la télétransmission intègre cette nouvelle couche de facturation électronique B2B en parallèle des flux de soins Sésam-Vitale.

Votre plan d'action sur la facturation électronique en tant que pharmacie :

Les échéances 2026 et 2027

1er Septembre 2026 : Obligation de RÉCEPTION. C'est la première étape. Votre LGO (ou logiciel de comptabilité) doit être prêt à recevoir les factures électroniques de vos répartiteurs (OCP, CERP...), laboratoires et autres fournisseurs.
1er Septembre 2027 : Obligation d'ÉMISSION. Votre LGO doit être capable d'envoyer le e-reporting B2C (Ticket Z) et les e-invoices B2B (flux tiers payeurs).

La priorité : contacter votre éditeur de LGO

Le report de la réforme vous donne du temps pour anticiper. La mise à jour de votre LGO est votre seule priorité.

Contactez votre éditeur de logiciel et exigez un plan de conformité. Demandez-lui :

Gérez-vous l'extraction du Ticket Z pour le e-reporting B2C ?
Comment intégrez-vous l'e-invoicing B2B pour les flux de tiers payant (CPAM/Mutuelles) ?
Comment gérez-vous la réception des factures de nos répartiteurs ?
Votre logiciel sera-t-il connecté au PPF ou à une PDP ?

Les questions que vous pouvez vous poser sur la facturation électronique en tant que pharmacien

La télétransmission Sésam-Vitale (FSE) ne suffit-elle pas ?

Non. La Feuille de Soins Électronique (FSE) est un flux de "soin" destiné à l'Assurance Maladie. La facture électronique (e-invoice) est un flux financier et fiscal destiné à l'administration. Votre LGO devra gérer les deux, la FSE ne remplace pas l'e-invoice.

Je vends de la parapharmacie. Est-ce géré différemment des médicaments ?

Non. Pour la réforme, ce sont des ventes B2C. Qu'il s'agisse de médicaments ou de parapharmacie, les ventes aux particuliers (votre "part patient") seront regroupées dans le e-reporting (Ticket Z) et transmises à l'administration.

Comment vais-je recevoir les factures de mes répartiteurs (OCP, CERP...) ?

Vos grossistes-répartiteurs (considérés comme de Grandes Entreprises ou ETI) devront vous envoyer des factures électroniques (e-invoices) dès le 1er septembre 2026. Votre LGO ou votre logiciel de comptabilité devra être connecté à une plateforme (PPF ou PDP) pour recevoir ces factures. Le format papier ou PDF simple sera interdit.

Une pharmacie doit-elle choisir une PDP (payante) ou le PPF (gratuit) ?

Vu le volume très élevé de transactions (B2C et B2B Tiers Payant), il est techniquement impossible pour une pharmacie de saisir manuellement ses flux sur le portail public (PPF). Vous devrez obligatoirement passer par une solution automatisée : soit votre LGO mis à jour et connecté au PPF, soit (plus probable) votre LGO connecté à une PDP (Plateforme Partenaire).

Pour comprendre en détail le fonctionnement du Portail Public (PPF), le rôle des PDP et le calendrier général, consultez notre guide complet de la facturation électronique 2026.