Facturation électronique 2026 : le guide pour les professions de santé (médecins, kinés...)

Temps de lecture : 4 min

À retenir : la facture électronique pour les professions de santé

Vous êtes concerné : L'exonération de TVA (art. 261 du CGI) pour les actes de soins ne vous exclut pas de la réforme. Vous êtes "assujetti" à la TVA, donc vous êtes dans le champ.
Actes aux patients (B2C) : Vos consultations et actes de soins aux particuliers sont soumis à l'e-reporting. Vous devrez transmettre les données de ces opérations à l'administration.
Tiers payeurs (B2B) : Vos facturations à la CPAM et aux mutuelles (tiers payant) sont considérées comme du B2B. Elles seront soumises à l'e-invoicing (facture électronique obligatoire).
Actes non-exonérés : Les actes hors-soin (ex: médecine esthétique, expertises) suivent le régime normal (e-invoicing B2B ou e-reporting B2C).
Outil essentiel : Votre Logiciel de Gestion de Cabinet (LGC) ou de télétransmission est la clé. Il doit être mis à jour par votre éditeur.
Échéances : Réception des factures fournisseurs dès le 1er septembre 2026. Émission de vos flux (e-invoicing/e-reporting) dès le 1er septembre 2027.

Réforme 2026 : pourquoi les professionnels de santé sont (vraiment) concernés

Une idée reçue très répandue consiste à penser que les professions de santé (médecins, kinésithérapeutes, infirmiers libéraux...), parce qu'elles réalisent des actes exonérés de TVA, sont hors du champ de la réforme 2026.

C'est inexact. L'obligation s'applique à tous les assujettis à la TVA, et non seulement aux "redevables".

Vos actes de soins exonérés (Art. 261 du CGI) font de vous un "assujetti non redevable". Vous êtes donc bien concerné par les deux volets de la réforme : e-invoicing et e-reporting.

Actes de soins aux patients (B2C) : l'obligation de e-reporting

L'e-reporting pour les actes exonérés

Pour la majorité de votre activité, à savoir les consultations et les actes de soins délivrés à des particuliers (vos patients), vous serez soumis à l'e-reporting.

Vous n'aurez pas à envoyer une facture électronique à chaque patient.

En revanche, vous devrez transmettre à l'administration (via le PPF ou une PDP) un récapitulatif des données de ces opérations.

La transmission via votre logiciel métier

En pratique, votre Logiciel de Gestion de Cabinet (LGC) devra être capable d'extraire un récapitulatif de vos actes B2C (date, montant, statut d'exonération) pour l'envoyer à la plateforme désignée.

Tiers payeurs (CPAM, mutuelles) : l'obligation d'e-invoicing

La facturation du tiers payant devient B2B

C'est le deuxième point crucial : lorsque vous facturez la part prise en charge par l'Assurance Maladie (CPAM) ou les mutuelles (organismes complémentaires), ces entités sont considérées comme des clients professionnels (B2B).

Ces flux de "facturation" (vos demandes de paiement au tiers payant) seront donc soumis à l'e-invoicing (facture électronique obligatoire).

Une automatisation via la télétransmission

Ce flux B2B sera très certainement automatisé et intégré dans vos outils de télétransmission (type Sésam-Vitale).

Néanmoins, votre éditeur de logiciel doit impérativement faire la mise à jour pour que ces flux respectent les nouvelles normes de l'e-invoicing (format structuré, connexion à une plateforme).

Actes non-exonérés et plan d'action :

Cas des actes hors-soin (médecine esthétique, expertises...)

Si vous réalisez des activités non thérapeutiques soumises à la TVA (ex: médecine esthétique, expertises judiciaires, location de matériel) :

Si le client est un pro (B2B) : Vous serez soumis à l'e-invoicing standard (facture avec TVA).
Si le client est un particulier (B2C) : Vous serez soumis à l'e-reporting standard (transmission des données de la transaction avec TVA).

Votre plan d'action : l'échéancier 2026-2027

1er Septembre 2026 : Obligation de RÉCEPTION. Votre cabinet doit être prêt à recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs (matériel médical, loyer, abonnements...).
1er Septembre 2027 : Obligation d'ÉMISSION. Votre logiciel doit être capable d'envoyer le e-reporting (patients) et les e-invoices (tiers payeurs).

La priorité : contacter votre éditeur de logiciel

Votre Logiciel de Gestion de Cabinet (LGC) est la clé. Contactez votre éditeur pour confirmer qu'il gérera :

L'extraction des données B2C pour le e-reporting (actes exonérés).
La génération des e-invoices B2B (flux vers CPAM et mutuelles).
La connexion aux plateformes (PPF ou PDP).

Les questions que vous pouvez vous poser sur la facturation électronique en tant que profession de santé

Je suis infirmier(ère) libéral(e) (IDEL) en BNC, suis-je concerné(e) ?

Oui, totalement. Vos actes de soins aux patients relèvent du e-reporting B2C. La facturation de la part tiers payant (CPAM/mutuelles) relève de l'e-invoicing B2B. Vous devez aussi recevoir vos factures d'achat (matériel, véhicule...) en électronique dès 2026.

Mon logiciel de télétransmission Sésam-Vitale gérera-t-il la réforme ?

Votre logiciel Sésam-Vitale gère le flux de "soin" (la FSE - Feuille de Soins Électronique). La réforme gère le flux de "facturation". Ces deux flux vont devoir cohabiter. Votre éditeur de logiciel doit impérativement mettre à jour votre outil pour qu'il intègre cette nouvelle couche d'e-invoicing et d'e-reporting en plus de la télétransmission FSE.

Comment gérer les rétrocessions d'honoraires entre confrères ?

Une rétrocession d'honoraires entre deux professionnels de santé (ex: un médecin titulaire et son remplaçant) est une transaction B2B. Elle est pleinement soumise à l'e-invoicing (facture électronique obligatoire) et devra passer par une plateforme.

Je suis médecin en micro-BNC. Est-ce différent ?

Non. Le régime fiscal (micro-BNC) ne change rien à l'obligation. Vous êtes "assujetti" à la TVA (même si vous êtes en franchise de base). Les mêmes règles s'appliquent : réception 2026, émission (e-invoicing B2B / e-reporting B2C) en 2027.

Pour comprendre en détail le fonctionnement du Portail Public (PPF), le rôle des PDP et le calendrier général, consultez notre guide complet de la facturation électronique 2026.